Гостиничные номера представляют собой великолепно оборудованные места для полноценного отдыха и сна. Они оснащены современными пластиковыми окнами, которые имеют отменные потребительские характеристики и эффективно поглощают звук широкого диапазона частот, исходящий от оживленной автомобильной магистрали – Невского проспекта. В отеле «Невский Экспресс» номерной фонд невелик: всего насчитывается порядка четырнадцать комфортабельных апартаментов, двенадцать из которых относятся к категории «Стандарт» (есть одноместные и двухместные номера), а два – к категории «Люкс». Необходимо отметить, что в каждом номере есть сейф повышенной устойчивости к механическим повреждениям, телевизор, настроенный на прием различных спутниковых каналов, выход в Интернет, телефонный аппарат, ванная комната с феном и туалетными принадлежностями. Двухкомнатные номера «Люкс» оборудованы джакузи.